Voici L'Histoire du Film 2 :
Un attentat est commandité pour tuer le Président. Un mutant en est la cause. Il se fait stopper au dernier moment, mais laisse un message : Liberté des Mutants.
Wolverine cherche toujours son passé oublié. Le professeur X lui dit d'aller voir à AlcalyLake, où il trouvera des réponses. Il part là-bas mais ne trouve rien. Pendant ce temps, Charles rend visite à Magneto dans sa prison de plastique. Là, le Professeur X et Cyclope se font capturer. Par la suite, Magneto arrivera à s'enfuir de cette prison grâce à Mystique.
Tornade et Jean partent à la recherche du mutant qui a voulu tuer le Président. Pendant leur absence, l'Ecole est attaquée. Wolverine la défendra et protégera beaucoup de mutants. Il rencontrera le créateur de son squelette, William Stryker. Pyro, Iceberg, Malicia et Wolverine partent et se retrouvent à Boston, où vivent les parents de Boby (Iceberg), qui est le petit ami de Malicia. Lorsque la police viendra les chercher après un appel du frère de Boby, Pyro démontrera un instinct meurtrier et des pouvoirs phénoménaux. Tornade et Jean arrivent avec le X-Jet pour les sauver, qui ont réussi à capturer le mutant de l'attentat qui n'était pas responsable de ses actes.
Ils sont pris en chasse par deux avions. En se crashant, ils rencontrent Magnéto et Mystique. Ensemble, ils partent à Alkalylake, où se trouve la base souterraine de Stryker. Ils arrivent à délivrer Cyclope et le Professeur X, ainsi que les mutants capturés lors de l'invasion de l'école.
Pyro rejoindra Magneto dans sa fuite. Jean arrive à faire décoller le Jet, mais se sacrifiera. Stryker mourra recouvert par les eaux.
